Shito
Shito είναι το μικρότερο μέγεθος δέντρων μπονσάι, το οποίο κυμαίνεται από 2,5 έως 6 εκατοστά. Λόγω του μικρού μεγέθους η ανάπτυξη τους είναι αρκετά περιορισμένη και έτσι έχουν μικρή διακλάδωση. Λέγονται αλλιώς και μπονσάι «δακτύλου».
Mame
Πρόκειται για την αμέσως επόμενη σε μέγεθος κατηγορία η οποία κυμαίνεται από 7 έως και 20 εκατοστά. Φυσικά εδώ η ανάπτυξη είναι πολύ μεγαλύτερη και μπορούμε σε αρκετές περιπτώσεις να δούμε ένα πλήρες δέντρο με πλούσια διακλάδωση. Σε αρκετές περιπτώσεις μπερδεύονται με την αμέσως επόμενη κατηγορία shohin
Shohin
Σύμφωνα με τα γενικώς αποδεκτά η κατηγορία αυτή δεν πρέπει να ξεπερνά τα 25 εκατοστά πράγμα όμως που σε πολλές περιπτώσεις δεν συμβαίνει και έτσι αρκετές φορές πλησιάζουν και τα 30 εκατοστά. Λέγεται αλλιώς και κατηγορία »ένα χέρι» επειδή μπορεί κανείς να κρατήσει το μπονσάι στην παλάμη του. Τα τελευταία χρονιά έχει πολλούς και φανατικούς υποστηρικτές.
Katabe-mochi
Η πιο κοινή κατηγορία μπονσάι, μέγεθος που το συναντάμε στις περισσότερες συλλογές, κυμαίνεται από 30 έως 44 εκατοστά. Μεγάλα και επιβλητικά μπονσάι με πολύ πλούσια ανάπτυξη .
Chu-chuhin
Μεγάλα δέντρα που φτάνουν ή και ξεπερνούν τα 60 εκατοστά .
Omono
Μπονσάι που ποικίλουν σε ύψος από 60 εκατοστά μέχρι 1,20. Τα παλαιοτέρα χρονιά στην Ιαπωνία τέτοια δέντρα τοποθετούσαν στην είσοδο αριστοκρατικών κατοικιών ως ένδειξη πλούτου. Για να μετακινηθούν χρειάζονται δυο άτομα από οπού και προέρχεται η κατηγορία "4 χέρια".
- Imperial
Τα μεγαλύτερα μπονσάι στον κόσμο, υπάρχουν συνήθως μονό στην Ιαπωνία, ξεπερνούν σε μέγεθος ακόμη και τα 2 μέτρα.